แม้ว่าสมเด็จพระนารายณ์จะทรงมีพระเมตตา และให้ความอุปถัมภ์แก่คริสตศาสนาจนหลายคนสงสัยว่า พระองค์มีพระราชประสงค์จะเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ เป็นความจริงว่าพระองค์ทรงสนทนากับพระสังฆราชลาโนบ่อยครั้ง และทรงติดรูปไม้กางเขนไว้ในพระตำหนักที่ประทับ แต่เรื่องแค่นี้ยังไม่สามารถด่วนสรุปได้ว่า พระองค์มีพระราชประสงค์จะเปลี่ยนศาสนา เพราะยังมีเหตุผลอื่นอีกหลายประการที่พิสูจน์ว่าทรงให้ความเคารพในคริสตศาสนา แต่เรื่องการเปลี่ยนศาสนา พระองค์ทรงเคยให้คำตอบไว้อย่างชัดเจน เมื่อมีคนกราบทูลถามเกี่ยวกับเรื่องนี้พระองค์ตรัสตอบว่า พระองค์ไม่มีพระราชประสงค์จะเปลี่ยนศาสนาที่มีมาถึง 2229 ปี เพราะเป็นศาสนาที่ทรงได้รับและนับถือ
พระองค์สนพระราชหฤทัยชีวประวัติพระเยซูคริสตเจ้าและคำสั่งสอน ศีลอภัยบาป ฯลฯ หลังจากที่ได้ทรงฟังคำอธิบายเกี่ยวกับการสารภาพบาป พระองค์ทรงหันพระพักตร์ไปทางขุนนางและตรัสกับพวกเขา “อันธพาล อันธพาล จงฟังทางนี้ เราจะส่งพวกท่านไปสารภาพบาปกับพระสังฆราช” พระสังฆราชลาโนเล่าต่อว่า “พระองค์ทรงมีพระเมตตาต่อพวกเราเป็นพิเศษ ทรงเกื้อกูลพระศาสนา ทรงอนุญาตให้เราปฏิบัติศาสนกิจได้อย่างเปิดเผยเหมือนที่พระเจ้าแผ่นดินคาทอลิกทรงอนุญาต (...) ขอพูดเพียงคำเดียวว่า พระองค์ทรงเป็นดังบิดาของพวกเรา”
วันที่ 15 ตุลาคม ค.ศ. 1684/พ.ศ.2227 พระคุณเจ้าลาโนได้เขียนจดหมายไปถึงผู้บริหารคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสว่า “พระเจ้าอยู่หัวสนพระราชหฤทัยที่จะมีความรู้เกี่ยวกับศาสนาอย่างมาก พระองค์คงจะทรงได้รับพระพรจากพระเป็นเจ้า แต่เป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้เพราะทรงเป็นประมุขของประเทศ ข้าพเจ้าขอคำภาวนาจากพวกท่านอย่างที่ไม่เคยขอมาก่อนเลย”
ส่วนฟอลคอนได้พยายามทำให้มิชชันนารีฝรั่งเศสเชื่อว่า การกลับใจของสมเด็จพระนารายณ์นั้นคืบหน้า พระสังฆราชลาโนได้รายงานต่อผู้บริหารบ้านเณรที่กรุงปารีสว่า “เพิ่งมีคนมาบอกข้าพเจ้าถึงข่าวดี เป็นข่าวหนึ่งที่ข้าพเจ้าคาดหวัง นั่นก็คือสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงขอกางเขนอันหนึ่งจากเมอซิเออก็องสต็องซ์เพื่อไว้เคารพบูชา แต่พระองค์ทรงขอให้เป็นความลับที่สุด ข้าพเจ้ามีความสุขที่ได้มอบกางเขนที่ทำจากงาช้างติดบนผ้ากำมะหยี่และใส่กรอบสีทองที่คุณพ่อส่งไปให้ เมอซิเออก็องสต็องซ์ได้นำขึ้นทูลถวาย สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวโปรดกางเขนนี้มากและทรงแสดงความเคารพต่อกางเขน เป็นนิมิตหมายที่ดีและเป็นไปอย่างที่ข้าพเจ้าเคยคิดอยู่เสมอว่า พระองค์ทรงมีประสบการณ์กับพระเป็นเจ้า แต่มีการต่อต้านอย่างรุนแรงจากทางด้านการเมือง จำเป็นต้องสวดภาวนาขอพระเป็นเจ้า พระองค์จะทรงทำให้แผนการของพระองค์สำเร็จไป ไม่ใช่เมอซิเออก็องสต็องซ์ที่มาเล่าให้ข้าพเจ้าฟัง แต่เป็นมหาดเล็กองค์หนึ่งของพระองค์”
เราไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่า เรื่องที่มหาดเล็กนำมาเล่าให้พระสังฆราชลาโนฟังนั้นเป็นความจริงหรือไม่ เพราะหนึ่งปีต่อมา ช่วงที่คณะทูตฝรั่งเศสชุดแรกเดินทางเข้ามาในประเทศสยาม ลับเบเดอชัวซี ได้บันทึกเกี่ยวกับสมเด็จพระนารายณ์และคริสต์ศาสนาไว้ว่า “การกลับใจของพระเจ้าอยู่หัวเป็นเรื่องที่ยังไม่พร้อม ทรงอุปถัมภ์พระศาสนา พระองค์พอพระราชหฤทัยบรรดามิชชันนารีทรงสร้างวัด แต่ยังห่างไกลนักที่จะทรงรับศีลล้างบาป” และท่านได้เล่ารายละเอียดต่อไปว่า
“...เมื่อพระสังฆราชเมแตลโลโปลิศและคุณพ่อเดอ ลีออนน์ มาที่ท่าเรือ พระคุณเจ้าได้ไปที่ห้องราชทูต ส่วนคุณพ่อเดอ ลีออนน์ มาที่ห้องข้าพเจ้า ก่อนอื่นหมดข้าพเจ้าได้กล่าวกับคุณพ่อว่าท่านราชทูตได้นำข้อเสนอของพระเจ้าอยู่หัว (พระเจ้าหลุยส์) มาเสนอให้พระเจ้ากรุงสยามทรงเปลี่ยนเป็นคริสตัง คุณพ่อเดอ ลีออนน์ มีอาการประหลาดใจกับข้อเสนอนี้ และกล่าวอย่างแจ่มแจ้งกับข้าพเจ้าว่าเรื่องนี้เป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้ จริงอยู่ว่าพระเจ้ากรุงสยามทรงมีพระอนุเคราะห์ต่อคริสต์ศาสนา พระองค์ทรงสร้างวัดหลายวัด พระราชทานเงินให้แก่มิชชันนารี ทรงทำให้พระสังฆราชแห่งเฮลิโอโปลิศสามารถเข้าประเทศจีนได้ แต่เรื่องเปลี่ยนศาสนา พระองค์ไม่เคยมีพระดำริและเรื่องนี้คงไม่ใช่เรื่องเล็กๆ ที่จะนำขึ้นกราบทูลเสนอ ข้าพเจ้าได้กล่าวกับคุณพ่อเดอ ลีออนน์ว่า ที่พระเจ้าอยู่หัว (ฝรั่งเศส) ทรงส่งทูตมาที่นี่ก็เพราะทรงเข้าพระทัยว่า เรื่องทุกอย่างได้ก้าวหน้าไปมากแล้ว มีคนกราบทูลพระองค์ว่า พระเจ้ากรุงสยามทรงแน่พระทัยที่จะละทิ้งศาสนาของพระองค์ พระองค์ไม่เสด็จไปวัดในพระพุทธศาสนาและทรงละทิ้งความเชื่อต่างๆ แล้ว เหลือเพียงแค่กระตุ้นพระองค์อีกเพียงนิดหน่อย ให้เข้าใจในศาสนาเที่ยงแท้เท่านั้น คุณพ่อเดอ ลีออนน์ ตอบข้าพเจ้าว่า ดูเหมือนพระเจ้ากรุงสยามไม่ทรงยึดติดรูปบูชา แต่ยังคงห่างไกลนักที่พระองค์จะทรงรับศีลล้างบาป
(...)
พระสังฆราชแห่งเมแตลโลโปลิศได้บอกเรื่องที่เป็นความลับที่สุดกับเชอวาลิเยร์เดอ โชม็องต์ ว่า เรื่องการกลับใจนั้นเป็นเรื่องระหว่างพวกเรา และไม่ใช่เราที่จะทำให้มันเกิดขึ้นได้”
เมื่อคณะทูตฝรั่งเศสได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระนารายณ์ เพื่อกราบทูลถวายพระราชสาส์นของพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 หลังจากที่พระองค์ทรงฟังข้อความในพระราชสาส์นแล้ว พระองค์ตรัสต่อหน้าเสนาบดีผู้ใหญ่ว่า “โอ้ โอ้ พระเจ้าแผ่นดินฝรั่งเศสทรงปรารถนาให้เราเปลี่ยนไปนับถือศาสนาของพระองค์ เรารู้สึกเป็นบุญคุณและพบว่า ไมตรีจิตของพระองค์ไม่ได้เห็นแก่ตัวเลย... แต่อย่าเพิ่งไม่พอใจพระเจ้าแผ่นดินฝรั่งเศสเลย เพราะเรายังไม่รู้จักเลยว่า ศาสนาของพระองค์คืออะไร เราจำเป็นต้องเรียนรู้เสียก่อน และถ้าเราพบความจริง เราจึงจะทำตาม”
ในการสนทนากัน ครั้งหนึ่งลับเบเดอ ชัวซี ได้กล่าวกับฟอลคอนว่า “ขอบอกตรงๆ เลยว่าข้าพเจ้าแทบจะไม่เชื่อว่า พระเจ้ากรุงสยามจะเข้ามานับถือศาสนาคริสต์ ที่นี่มีพระภิกษุเต็มไปหมด ไม่มีเสนาบดีผู้ใหญ่สักคนที่เป็นคริสตัง
ฟอลคอนกล่าวตอบว่า “ท่านพูดถูกแล้ว พระองค์จะไม่มีวันเป็นคริสตัง แม้จะทรงทำสิ่งดีๆ ให้แก่คริสต์ศาสนา และมันก็จะไม่มีวันเกิดขึ้นในเร็วๆ นี้ด้วย เพราะจำเป็นจะต้องเริ่มทำให้คนครึ่งหนึ่งของราชอาณาจักรกลับใจเสียก่อน เราจะไม่มีวันเห็นพระเจ้าแผ่นดินเปลี่ยนศาสนาโดยที่คนส่วนมากไม่ได้นับถือศาสนานั้นใช่หรือไม่ ที่สำคัญพระเจ้ากรุงสยามทรงมีพระชนมายุมากแล้วและทรงพระประชวร ทุกอย่างเปลี่ยนแปลงไปหลังการสวรรคตของพระองค์ บางทีคริสตศาสนาอาจจะถูกเบียดเบียนเพราะสาเหตุจากการแตกแยก”
จากการสนทนาของฟอลคอนและลับเบเดอ ชัวซี คงพิสูจน์ได้ว่าเป็นเรื่องยากที่ทั้งสมเด็จพระนารายณ์และชาวสยามจะเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์ เหมือนอย่างที่พระเจ้าหลุยส์ที่ 14 มีพระราชประสงค์ เพราะเมื่อพิจารณาดูพระภารกิจประจำวันของพระองค์ ยิ่งเป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้ที่พระองค์จะทรงเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอื่น พระองค์ทรงตื่นบรรทมเวลาตีห้า จากนั้นทรงบาตรแก่พระภิกษุองค์แรกที่มารับที่ประตูพระราชวัง
แม้ว่าเรื่องการเปลี่ยนศาสนาของสมเด็จพระนารายณ์จะเป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้ แต่ลับเบเดอ ชัวซี ก็ชื่นชมในพระบุคลิกภาพของพระองค์ และพระเมตตาที่ทรงมีต่อศาสนาคริสต์ ท่านได้บันทึกไว้ว่า “พระองค์ทรงสร้างวัดหลายแห่ง และมีพระบรมราชานุญาตอย่างหาที่สิ้นสุดมิได้ เพื่อความก้าวหน้าของพระศาสนา ทรงติดกางเขนไว้ในพระตำหนักของพระองค์ ทรงอ่านพระวรสารที่พระสังฆราชเมแตลโลโปลิศได้แปลเป็นภาษาสยาม ตรัสถึงพระเยซูเจ้าด้วยความเคารพอย่างยิ่ง ทรงฟังคำบรรยายของพระสังฆราช ทั้งหมดนี้ไม่เพียงพอสำหรับข้าพเจ้าที่จะอยู่ที่นี่ในฐานะเสนาบดีของพระองค์ แต่แค่นี้ก็เป็นเครื่องบรรเทาใจเราอย่างดี ให้เราสวดขอพระเป็นเจ้าสำหรับพระเจ้ากรุงสยามผู้พระทัยดี ข้าพเจ้ามั่นใจว่าถ้าท่านได้พบพระองค์ ท่านจะรักพระองค์หมดหัวใจเลยทีเดียว”
วันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ.1685/พ.ศ.2228 พระสังฆราชลาโนได้เขียนจดหมายไปถึงผู้บริหารบ้านเณรคณะมิสซังต่างประเทศว่า “พูดตามความจริง แม้ว่าพระเจ้ากรุงสยามจะทรงให้ความนับถือศาสนาคริสต์อย่างมากก็ตาม อย่างไรก็ดีข้าพเจ้าทราบดีว่า พระองค์ไม่ทรงคิดที่จะมาเป็นคริสตัง แต่จากการที่พระเจ้าอยู่หัวผู้ยิ่งใหญ่ของฝรั่งเศสได้ทรงเชื้อเชิญ ทำให้พระองค์ต้องทรงพระราชดำริอย่างหนักและคำตอบที่พระราชทานให้แก่ราชทูตเป็นลายลักษณ์อักษร จะเป็นการจรรโจงใจสำหรับความหวังดีๆ” พระคุณเจ้าได้กล่าวเสริมอีกว่า “ข้าพเจ้าคิดว่าเมื่อมีโอกาสเหมาะ ขอคุณพ่อได้พูดกับราชทูตอย่างพอสมควรเกี่ยวกับเรื่องนี้ เราไม่สามารถมั่นใจเรื่องเกี่ยวกับอนาคต และเราจะเสียใจภายหลังที่ฮึกโหมเร็วเกินไป ในเรื่องที่เราหวังผลลัพท์ที่ไม่มีวันเป็นไปได้”
หลังจากที่ได้มีการลงนามในสนธิสัญญากับประเทศฝรั่งเศสแล้วใน ค.ศ.1685/พ.ศ.2228 สมเด็จพระนารายณ์มีพระราชประสงค์จะขอบใจพระสังฆราชลาโนและมิชชันนารี ในการมีส่วนร่วมต้อนรับคณะทูตฝรั่งเศส ดังนั้น พระองค์โปรดสร้างวิทยาลัยใหม่ขึ้นที่กรุงศรีอยุธยาและสร้างวัดน้อยหลังหนึ่งที่ลพบุรี
หลังจากที่เดินทางออกจากประเทศสยามแล้ว เคานต์เดอ ฟอร์แบง เดินทางมาถึงเมืองเบรสปลายเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1688/พ.ศ.2231 และมีโอกาสได้เข้าเฝ้าพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 ในการเข้าเฝ้าครั้งนั้นพระองค์รับสั่งถามฟอร์แบงว่า สมเด็จพระนารายณ์มีพระราชประสงค์จะเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์อย่างแท้จริงหรือไม่ ฟอร์แบงกราบทูลว่า “ความจริงเมอซิเออเดอ โชม็องต์ ได้กราบทูลรายงานเรื่องศาสนา แต่เมอซิเออก็องสต็องซ์ผู้ทำหน้าที่ล่ามตั้งใจจะไม่แปลเรื่องนี้ถวายพระเจ้ากรุงสยาม ประมุขมิสซังก็อยู่ที่นั่นด้วยและรู้ภาษาไทยเป็นอย่างดี พระคุณเจ้าได้ตั้งข้อสังเกตนี้ แต่ไม่กล้าพูดอะไรเลย ด้วยเกรงว่าจะสร้างความเกลียดชังขึ้น เพราะเมอซิเออก็องสต็องซ์จะไม่มีวันให้อภัยอย่างแน่นอน”
คุณพ่อเดอ ลา แชส ผู้ฟังแก้บาปของพระเจ้าหลุยส์ ได้สอบถามเคานต์เดอ ฟอร์แบง เกี่ยวกับการทำงานของมิชชันนารีฝรั่งเศสที่ประเทศสยาม ฟอร์แบงได้แบ่งปันสิ่งที่ตัวเองได้เห็นเกี่ยวกับเรื่องการกลับใจแก่คุณพ่อเดอ ลา แชส ว่า “จงอย่าหวังว่าจะทำให้ชาวสยามแม้แต่คนเดียวกลับใจมาเป็นคริสตัง เพราะ (...) พวกเขาพบว่าจริยธรรมของเขาสมบูรณ์กว่าของเรา พวกเขาไม่ประทับใจมากเท่าที่ควร ที่เห็นมิชชันนารีดำเนินชีวิตไม่เคร่งครัดเท่ากับพระภิกษุ”
เกี่ยวกับเรื่องการดำเนินชีวิตของบรรดาพระภิกษุ คุณพ่อแฟร์เรอซ์ก็ได้แสดงความชื่นชมไว้ในจดหมายของท่านว่า “พระภิกษุถือความบริสุทธิ์ สงบเสงี่ยม ฉันวันละ 2 ครั้ง ตอนเช้าและตอนกลางวัน ภัตตาหารได้มาจากการบิณฑบาตหรือมีคนนำมาถวาย พวกท่านจะตื่นเมื่อฟ้าเริ่มสางเพื่อสวดทำวัตรพร้อมกัน ตอนเย็นก็จะสวดพร้อมกันด้วย การสวดนั้นไพเราะมาก พระภิกษุจะไม่ดื่มสุราเลย ไม่ฆ่าสัตว์ ไม่เก็บเงิน... พวกท่านเชื่อว่าทุกศาสนาดี... และจะไม่ปฏิเสธถ้ามีคนมานมัสการไปในที่ต่างๆ พระภิกษุจะให้การต้อนรับคนที่มาขอพักแรม พวกท่านจะอยู่ด้วยกันเป็นหมู่คณะ...”
หลังการแลกเปลี่ยนทางการทูตในสมัยสมเด็จพระนารายณ์ และพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 ความสัมพันธ์ระหว่างราชอาณาจักรสยามและประเทศฝรั่งเศสต้องหยุดชะงักลงเป็นเวลานานมากกว่า 150 ปี การรื้อฟื้นความสัมพันธ์อย่างเป็นทางการเริ่มขึ้นใหม่อีกครั้งหนึ่งเมื่อ ค.ศ. 1856/พ.ศ.2399 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและจักรพรรดินโปเลียนที่ 3 แห่งสาธารณรัฐฝรั่งเศส นายเอเตียน กัลลัวส์ อดีตบรรณาธิการห้องสมุดวุฒิสภาของฝรั่งเศส ได้กล่าวหาหลังการลงนามในสนธิสัญญาระหว่างประเทศฝรั่งเศสกับประเทศสยามใน ค.ศ.1856/พ.ศ.2399 ไว้ว่า
“เรากลับไปมีความสัมพันธ์กับประเทศซึ่งครั้งหนึ่งเคยจากมา หลังจากได้รับการต้อนรับอย่างหมดหวัง เพราะเราเคยพยายามจะครอบครองเพื่อหาผลประโยชน์จากมุมมองของรัฐบาลที่ไว้ใจประเทศฝรั่งเศสมากเกินไป ความสัมพันธ์ครั้งใหม่นี้ไม่มีเล่ห์กลแอบแฝง รัฐบาลฝรั่งเศสและสยามไม่มีข้อมูลสัญญาที่ทั้งสองไม่สามารถปฏิบัติได้ ไม่มีสนธิสัญญาข้อใดเลยใน 24 ข้อของสนธิสัญญาฝรั่งเศส-สยาม ที่ขอให้พระเจ้าแผ่นดินสยามและชาวสยามต้องเปลี่ยนศาสนา แม้แต่มิชชันนารีของเราและกิจการที่สงบสุขของพวกท่านก็ไม่ได้ถูกละเลย”