สมัยรัชกาลที่ 3 (พ.ศ. 2367-2394/ค.ศ. 1824-1851)

 
ในรัชสมัยแห่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวหรือพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 3  เป็นพระราชโอรสของพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 2 พระองค์ทรงเป็นพุทธมามกะที่ศรัทธาทรงสร้างและบูรณปฏิสังขรณ์วัดวาอารามมากมาย และทรงเป็นผู้อุปถัมภ์วรรณคดีด้วย
 
พระองค์ทรงพยายามดำเนินนโยบายป้องกันประเทศเหมือนรัชกาลก่อนๆ ทรงตระหนักถึงอันตรายของพวกล่าอาณานิคมอังกฤษ จึงทรงสร้างป้อมปราการต่างๆ เพื่อป้องกันกรุงเทพฯและเมืองจันทบุรีที่อาจจะถูกรุกรานทางเรือ ทรงสร้างเมืองใหม่หลายเมืองตามชายแดนตะวันออกและตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศ
 
ในพ.ศ. 2369/ค.ศ.1826 อังกฤษผนวกเมืองตะนาวศรีทำให้ ชาวสยามเริ่มรู้ว่ามหาอำนาจอังกฤษเป็นอันตรายน่าเกรงขาม จึงแสดงท่าทีอ่อนข้อลงในการเจรจากับอังกฤษ ร้อยเอกเบอร์นี   ซึ่งเป็นข้าหลวงเมืองกัลกัตตาส่งมากรุงเทพฯ พ.ศ. 2369 /ค.ศ.1826 ได้รับคำรับรองว่าจะโจมตีสุลต่านแห่งรัฐเปรัค รวมทั้งจะเปิดประเทศสยามให้อังกฤษเข้ามาทำการค้า พระเจ้าแผ่นดินสยามทรงเห็นการล่าอาณานิคมของอังกฤษในภูมิภาคนี้ก้าวหน้าไปเรื่อยๆ จึงทรงเกรงว่าจะถูกรุกรานและเริ่มไม่ไว้วางพระราชทัยมิชชันนารี
 
คุณพ่อบรือเกียร์เขียนไว้ว่า “พระองค์ทรงเชื่ออยู่เสมอว่าทุกคนเป็นคนที่ประเทศอังกฤษส่งมา โดยไม่แยกแยะระหว่างพระสงฆ์และฆราวาส” ชาวสยามสับสนระหว่าง “ชาวอังกฤษ ชาวฝรั่งเศส ชาวฮอลันดา โดยเรียกรวมๆ กันว่า “ฝรั่ง” (หมายถึงชาวยุโรป) ราวกับว่าเป็นชาติเดียวกันชาวสยามต่างมองมิชชันนารีราวกับเป็นสายลับที่พระเจ้าแผ่นดินยุโรปส่งมาเพื่อรวบรวมสมัครพรรคพวกโดยเอาศาสนามาบังหน้า และชาวสยามแน่ใจว่าเมื่อเกิดสงครามกับชาติใดชาติหนึ่งในยุโรปคริสตังพื้นเมืองทุกคนจะทรยศประเทศของตนและหันไปเข้าข้างชาวยุโรป
 
ด้วยเหตุนี้ เมื่อจะเดินทางออกจากกรุงเทพฯ จึงต้องมีใบอนุญาต มิฉะนั้น อาจถูกจับและถูกตำรวจส่งตัวกลับเมืองหลวง เรื่องทำนองนี้เคยเกิดกับคุณพ่อบาร์ดัยห์มาแล้วเมื่อ พ.ศ. 2372 /ค.ศ.1829 ท่านเดินทางไปถึงเมืองสระบุรีและถูกเจ้าเมืองสระบุรีจับตัว เพราะกลัวว่าจะเป็นชาวอังกฤษ ที่ปลอมตัวเป็นมิชชันนารีมาสำรวจประเทศ ท่านถูกนำตัวกลับกรุงเทพฯ หลังจากนั้นถูกปล่อยตัวให้เป็นอิสระ
 
คณะทูตของเบอร์นี ทำให้เกิดผลที่ตามมาอย่างคาดไม่ถึง มีข่าวลือแพร่ไปทั่วเวียงจันทน์ว่ามีกองเรืออังกฤษมุ่งหน้ามากรุงเทพฯ  เจ้าอนุวงศ์ซึ่งปกครองลาวในฐานะประเทศราชของสยามมีพระดำริว่าถึงเวลาแล้วที่จะกอบกู้อิสรภาพ พระองค์ทรงบุกราชอาณาจักรสยาม ทัพหน้าของพระองค์มาถึงบริเวณที่อยู่ห่างจากเมืองหลวง 100 กิโลเมตร แต่ในไม่ช้าต้องทรงถอยทัพกลับไป พ.ศ. 2370/ค.ศ.1827 และทรงข้ามไปอยู่ทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำโขง   ชาวสยามติดตามไป และทำลายเมืองเวียงจันทน์ รวมทั้งกวาดต้อนผู้คนส่วนหนึ่งกลับมาปลาย พ.ศ. 2371/ค.ศ. 1828  เมืองเวียงจันทน์ถูกทำลายอย่างราบคาบ และราชอาณาจักรลาวถูกผนวกเข้ากับราชอาณาจักรสยาม
 
ในพ.ศ. 2374/ ค.ศ.1831 ชาวสยามต้องการลงโทษเวียดนามที่สนับสนุนเจ้าอนุวงศ์และต้องการแก้เผ็ดที่เคยเสียทีเวียดนามเมื่อ พ.ศ. 2356/ค.ศ. 1813  ชาวสยามจึงบุกเขมรและขับไล่นังองจันทร์ซึ่งปกครองเขมรออกไป นังองจันทร์เสด็จหนีไปพึ่งเวียดนามแต่เกิดกบฏต่อต้านผู้ยึดครอง เขมรจักรพรรดิมินมาง แห่งเวียดนาม เสด็จมาสถาปนานังองจันทร์ให้ครองราชย์ใหม่ เมื่อจักรพรรดิมินมางเสด็จสวรรคต พ.ศ. 2377/ค.ศ. 1834 เวียดนามจึงผนวกเขมรเข้าไปอยู่ภายใต้การปกครองโดยให้พระนางอังเหม่ยบังหน้า จักรพรรดิมินมางทรงมีความขัดแย้งกับมิชชันนารี และคริสตังอย่างนองเลือด พ.ศ. 2376/ค.ศ.1833 มิชชันนารีบางองค์ถูกจับขังคุกและถูกฆ่าตาย บางองค์หนีไปได้ พระสังฆราชตาแบรด์ ประมุขมิสซังโคชินจีนพร้อมด้วยมิสชันนารีจำนวนหนึ่งและสามเณร 15 คน มาลี้ภัยอยู่ที่จันทบุรีพระเจ้าแผ่นดินสยามซึ่งทรงเตรียมทำสงครามกับโคชินจีน  เชิญมิชชันนารีเข้าเฝ้าเพื่อขอทราบเรื่องราวความขัดแย้งกับคริสตังและกบฏที่เพิ่งเกิดขึ้นในโคชินจีน 
 
พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 3 มีพระบรมราชานุญาต ให้พระสังฆราชตาแบรด์และมิชชันนารีที่ลี้ภัยอยู่ในสยาม แต่ทรงขอร้องพวกท่านให้ใช้อำนาจที่มีเหนือคริสตังเวียดนาม ช่วยเหลือแผนการทำสงครามกับจักรพรรดิมินมาง หรืออย่างน้อยให้แต่งตั้งมิชชันนารีองค์หนึ่งติดตามกองทัพสยามไปด้วย พระสังฆราชตาแบรด์ ยอมแต่งตั้งคุณพ่อวียัล เป็นบาทหลวงประจำกองทัพสยาม แต่มีข้อแม้ว่าพระเจ้าแผ่นดินต้องทรงอนุญาตให้ท่านออกจากกรุงเทพฯ เพราะท่านไม่อยากทำให้เกิดความเข้าใจผิดว่าเป็นคนทรยศต่อเวียดนามโดยมารับกองทัพสยามไปเวียดนาม พระเจ้าแผ่นดินทรงรู้สึกไม่พอพระทัยต่อข้อแม้นี้เป็นอย่างยิ่ง เพราะตามธรรมเนียมแล้วทุกคนต้องปฏิบัติตามพระบรมราชโองการโดยไม่มีข้อแม้ใดๆ ทั้งสิ้น ดังนั้น พระองค์จึงไม่ทรงอนุญาตให้พระสังฆราชตาแบรด์ ออกจากกรุงเทพฯ ท่านจึงเป็นเหมือนนักโทษของพระเจ้าแผ่นดินมิชชันนารีถูกทั้งสองฝ่ายเพ่งเล็งสงสัย
 
พระเจ้าแผ่นดินไม่พอพระทัยอย่างมากที่ประมุขมิสซังทั้งสองปฏิเสธ พระสังฆราชฟลอรังส์จึงขอให้คุณพ่อเกลมังโซไปกับกองทัพของเจ้าพระยาบดินทรเดชา คุณพ่อเกลมังโซ ยอมไปแบบเสียไม่ได้ ท่านเห็นการต่อสู้ทางเรือถึง 2 ครั้ง และซ่อนตัวอยู่ในเรือที่โคชินจีน 15 วัน ถึงแม้จะทำเช่นนั้น แต่มิชชันนารีของเวียดนามยังกล่าวหาว่าท่านดึงชาวโคชินจีนเขามาในสยามเพราะเมื่อได้ข่าวว่ามีคริสตังและพระสงฆ์มากับกองทัพสยาม คริสตังเวียดนามจากเมืองฮาเตียนและเจาดอกต่างรีบวิ่งมาหาพระสงฆ์เพื่อหลบภัยให้รอดพ้นจากการเบียดเบียน ในจำนวนนี้มีคริสตัง 1,600 คน สมัครใจอพยพเข้ามาอยู่ในสยาม เมื่อมาถึงกรุงเทพฯ พ.ศ. 2377 /ค.ศ. 1834 ข้าราชการคริสตังช่วยกราบทูลพระเจ้าแผ่นดินเพื่อช่วยพวกเขา 
 
พระเจ้าแผ่นดินทรงแสดงพระทัยเมตตาต่อพวกเขาเป็นอย่างยิ่งพระองค์ทรงอนุญาตให้พวกเขาตั้งบ้านเรือนบนที่ดินว่างเปล่าแปลงหนึ่งทางทิศเหนือของกรุงเทพฯ ที่เรียกว่า สามเสน เมื่อทรงมอบคริสตังเหล่านี้ให้อยู่ในความดูแลของมิสซังแล้ว พระองค์ไม่ต้องคอยเฝ้าระวังพวกเขาอีก ทรงโปรดให้สร้างโรงเรียนใหญ่ พระราชทานเครื่องนุ่งห่มที่ดินทำมาหากินพร้อมทั้งกระบือและทรงยกเว้นการเก็บภาษี
 
หลังจากนั้นไม่นาน คริสตังเหล่านี้ถูกส่งไปเป็นทหารรับใช้ของพระเจ้าแผ่นดิน เรื่องนี้ทำให้พระสังฆราชตาแบรด์   ขุ่นเคืองใจมาก  อย่างไรก็ตาม ชาวเวียดนามเหล่านี้ไม่เสียใจที่มาอยู่ในสยาม  พระเจ้าแผ่นดินยังแสดงพระทัยเมตตาต่อคุณพ่อเรอเจอโร ซึ่งหนีปัญหาความขัดแย้งในโคชินจีนมาลี้ภัยที่เมืองพระตะบอง พระองค์ทรงช่วยให้ท่านเดินทางมาจนถึงกรุงเทพฯ
 
เนื่องจากสงครามยังยืดเยื้อต่อไป คุณพ่อกือโนต์ ซึ่งอยู่ที่จันทบุรีกับสามเณรหนีกลับไปเวียดนามพร้อมสามเณร ไม่มีใครเห็นด้วยกับการกระทำนี้ การหนีไปครั้งนี้ทำให้พระเจ้าแผ่นดินทรงขุ่นเคืองพระทัย พระองค์ทรงจับชาวเวียดนาม 2 คน ที่เดินทางมาพร้อมกับคุณพ่อเรอเจอโร ไปเป็นตัวประกัน
 
สงครามระหว่างสยามกับเวียดนาม ทำให้เกิดชุมชนคริสตังอีกแห่งที่กรุงเทพฯ คือค่ายชาวเวียดนามที่เรียกว่าค่ายนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ แต่สงครามครั้งนี้ขัดขวางการประกาศพระวรสารในภาคตะวันออกของสยาม พ.ศ. 2377/ค.ศ.1834 เพราะแพ้สงครามกับโคชินจีน ราชสำนักสยามจึงออกคำสั่งห้ามชาวต่างชาติเดินทางสัญจรไปมาในเขตดอนในของประเทศ
 
คุณพ่อปัลเลอกัวส์เดินทางไปสำรวจประเทศลาวในส่วนที่เป็นของสยาม เจ้าเมืองลพบุรีส่งคนไปจับท่าน หลังจากถูกขังในคุกเป็นเวลา 2 วัน 2 คืน และมีการสอบสวนอย่างยืดยาว ท่านจึงถูกส่งตัวมาที่อยุธยาโดยมีทหารคุมตัวมา 4 คน
 
ที่ปากเพรียวซึ่งอยู่ทางตอนเหนือของเมืองสระบุรี คริสตังใหม่ถูกเจ้าเมืองคนใหม่จับกุมและถูกจำคุกเดือนเมษายน พ.ศ. 2377/ค.ศ.1834 เพราะญาติพี่น้องกล่าวฟ้อง พระสังฆราชกูร์เวอซีประมุขมิสซังองค์ใหม่ผู้สืบตำแหน่งต่อจากพระสังฆราชฟลอรังส์เป็นผู้ขออิสรภาพให้.