การเมืองมักจะมีการเปลี่ยนแปลงอยู่เสมอ ตามแต่พระมหากษัตริย์จะทรงปกครอง ซึ่งพระมหากษัตริย์แต่ละองค์ก็ทรงมีพระประสงค์แตกต่างกันออกไป ซึ่งมีผลต่อการทำงานของบรรดามิชชันนารีเป็นอย่างมาก จะดูได้จากในปี ค.ศ. 1688 ได้มีการขับไล่ชาวฝรั่งเศสออกจากเมืองไทย เพราะพระเพทราชาได้ขึ้นครองราชย์แทนสมเด็จพระนารายณ์ ซึ่งพระเพทราชาไม่ทรงวางใจในคนต่างชาตินัก จึงได้สั่งให้มีการจับกุมคริสตังค์ และบรรดาธรรมทูตที่กรุงศรีอยุธยา ทำให้บรรดามิชชันนารีต้องประสบกับปัญหาที่ยุ่งยากในการเผยแพร่ศาสนา แต่ต่อมาไม่นานนัก พระสังฆราช ลาโนได้ถูกทำร้ายและถูกจับกุมไปขังคุก ซึ่งท่านได้ใช้เวลาในคุกนั้น แต่งหนังสือขึ้นชื่อว่า “De deificatione Justorum” (การทำให้ผู้ชอบธรรมกลายเป็นพระ) ขณะเดียวกันบรรดาสามเณรและคริสตังค์ก็ถูกจับจำคุกด้วย ส่วนคนที่เหลือก็พยายามหลบซ่อนตัวให้รอดพ้นจากการจับกุม
ในสมัยของพระเจ้าท้ายสระ บรรดามิชชันนารีถูกห้ามออกจากเมืองหลวง ห้ามใช้ภาษาสยาม และภาษาลี ห้ามประกาศศาสนา และข้อห้ามเหล่านี้ยังถูกจารึกลงบนศิลา ตั้งไว้ที่หน้าวัดอยุธยาด้วย ทำให้บรรดามิชชันนารีต้องพยายามหาวิธีอื่นในการแพร่ธรรม
ปัญหาทางการเมืองที่สำคัญอย่างหนึ่งก็คือ การรุกรานและการยึดครองกรุงศรีอยุธยาของพม่าในปี ค.ศ. 1767 ทำให้พระสังฆราชบรีโกต์ถูกจับ และถูกนำตัวไปพม่า วัดอยุธยาและบ้านเณรถูกเผา ทำให้การแพร่ธรรมยุติลง จนกระทั่งถึงสมัยพระเจ้าตากสิน กอบกู้เอกราชคืนมาได้ ซึ่งก็ไม่สามารถแพร่ธรรมได้ จึงผ่านมาถึงสมัย ที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกขึ้นครองราชย์ พระองค์โปรดให้พระสังฆราช พระสงฆ์ ที่ถูกเนรเทศไปกลับเข้ามาในประเทศไทยได้
ในสมัยของพระบาทสมเด็จพระเจ้าตากสิน พระองค์ทรงโปรดปรานชาวคริสต์ เพราะเป็นผู้มีความสามารถสูงในงานฝีมือ มีความกล้าหาญ ขยัน และมีความซื่อสัตย์ พระองค์ได้ทรงรับคริสตชนเข้าเป็นทหาร เป็นมหาดเล็กเฝ้าพระราชวัง เป็นล่าม และเป็นหมอรักษาโรค ในฐานะที่พวกเขาเป็นข้าราชการ จึงต้องให้สัตย์ปฏิญาณแสดงความจงรักภักดีพระมหากษัตริย์ทุกๆ ปี โดยเข้าพิธีถือน้ำพระพิพัฒธสัตยา และบังคับให้เข้าร่วมพิธีทางศาสนาบางอย่างด้วย ซึ่งขัดกับข้อบังคับทางศาสนาคาทอลิก พระสังฆราชเลอบอง ได้ห้ามคริสตชนเข้าพิธีเหล่านี้ ทำให้พระมหากษัตริย์ทรงเคือง พระราชหฤทัย และห้ามคนไทยเข้านับถือศาสนาคริสต์อีก พระองค์ได้ขับไล่พระสังฆราชและมิชชันนารีออกนอกประเทศด้วย
จนมาถึงสมัยของพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ครองราชย์ ประเทศไทยได้ทำสัญญาฉบับหนึ่งกับฝรั่งเศส ในสัญญาฉบับนี้อนุญาตให้ชาวสยามมีอิสระในการเลือกนับถือศาสนา อนุญาตให้บรรดามิชชันนารีเทศน์สอนศาสนาได้ จัดสร้างสามเณราลัยขึ้นได้ มีการก่อสร้างโรงเรียน โรงพยาบาล และบรรดามิชชันนารียังสามารถเดินทางไปยังที่ต่างๆ ได้ทั่วราชอาณาจักร โดยอิสระ ซึ่งมีผลให้มิชชันนารีเกิดความกระตือรือร้นเป็นอย่างมากในการเผยแพร่ศาสนา
การจัดสรรที่ดิน
เป็นวิธีการหนึ่งในการเผยแพร่ศาสนา ในระยะแรกที่มิชชันนารีเข้ามาในประเทศนั้น มีพื้นที่ว่างเปล่ามากมาย และเล็งเห็นว่าน่าจะเป็นประโยชน์ในการเผยแพร่ศาสนา จึงได้ไปขอที่ดินเหล่านั้นจากทางราชการ ทางราชการก็อนุญาตให้โดยง่าย เพราะชาวสยามในช่วงนั้นยังไม่สนใจและไม่คิดที่จะจับจองที่ดินที่ว่างเปล่าเหล่านั้นมาเป็นสมบัติของตน หรือทำให้เกิดประโยชน์มากมายเช่นสมัยปัจจุบันนี้ วิธีการจับจองที่ดินก็คือ ให้มิชชันนารีเหยียบย่ำและเดินไปบนที่ดินว่างเปล่าเหล่านั้น เดินได้ไกลเท่าไรก็มีสิทธิได้เป็นเจ้าของที่ดินเหล่านั้นทั้งหมด ในสมัยนั้นยังไม่มีเอกสารอะไรมากมาย จะมีก็แต่เพียง “ใบเหยียบย่ำ ซึ่งเป็นเอกสาร” ซึ่งเป็นเอกสารให้มิชชันนารีเก็บรักษาไว้เพื่อแสดงถึงความเป็นเจ้าของที่ดินบริเวณนั้น นอกจากที่ดินเหล่านี้แล้ว ยังมีที่ดินพระราชทาน ซึ่งพระมหากษัตริย์หลายพระองค์ได้พระราชทานให้ อันเนื่องมาจากแบบอย่างที่ดีและความดีความชอบต่างๆ ของบรรดามิชชันนารีที่ได้กระทำประโยชน์ให้กับราชสำนัก และประชาชนชาวสยาม ที่ดินเหล่านี้เอง มิชชันนารีได้นำมาจัดตั้งหมู่บ้าน สร้างวัด สร้างโรงพยาบาล สร้างโรงเรียน และอื่นๆ อีกมากซึ่งมีคุณค่าและเป็นสนามในการเผยแพร่ศาสนาที่สำคัญอย่างหนึ่ง เป็นต้น สำหรับหมู่บ้าน จะเป็นที่ๆ รวมคริสตังค์ใหม่ ชาวสยามที่สนใจในศาสนาแต่ยังไม่ได้รับศีลล้างบาปให้มาอยู่รวมกัน ซึ่งการเป็นดีและง่ายแก่การอภิบาลสัตบุรุษ ไม่ว่าจะเป็นการให้บริการด้านศีลศักดิ์สิทธิ์ต่างๆ การสอนคำสอน การมาวัดฟังมิสซา และสวดภาวนาร่วมกัน แต่ก็มีอุปสรรคด้วยเช่นกัน แม้ว่าคริสตังค์ใหม่จะมาอยู่รวมกันแล้ว ก็ยังมีบรรดาญาติพี่น้อง เพื่อนฝูง หรือผู้ที่ต่อต้าน เกลียดชังบรรดามิชชันนารี จะมาคอยรบกวน กล่าวตำหนิติเตียน และโจมตีอยู่บ่อยๆ ซึ่งมีผลทำให้บางคนไม่กล้าที่จะเปิดเผยตัวเองว่าเป็นคริสตังค์ หรือทำให้ชาวสยามกลับใจมีจำนวนเพิ่มมากขึ้น ทั้งๆ ที่บรรดามิชชันนารีพยายามให้ความใกล้ชิด เอาใจใส่ไปเยี่ยมเยียนพวกเขาตามบ้าน และใช้ชีวิตอยู่ร่วมกับพวกเขาในหมู่บ้านก็ตาม
โรงพยาบาลและโรงเรียน
ในระยะแรกเริ่มที่มีพระสงฆ์คณะเอากุสตินเนียนเข้ามาในประเทศสยาม บทบาททางการแพร่ธรรมของคณะไม่ได้ถูกบันทึกไว้มากนัก ตอนหนึ่งมีบอกไว้ว่าในปี ค.ศ. 1704 คุณพ่อ Estevao de Sousa ได้สร้างโรงพยาบาลขึ้นมาเพื่อชาวโปรตุเกสในสยาม ซึ่งถือได้ว่าเป็นจุดเริ่มต้นและเป็นแบบอย่างของการสร้างโรงพยาบาล และใช้สถานพยาบาลเหล่านี้เป็นสนามในการเผยแพร่ศาสนาในเวลาต่อๆ มา ในสมัยพระสังฆราชลาโน ซึ่งเป็นพระสังฆราชองค์แรกของประเทศสยาม ได้สร้างโรงพยาบาลแห่งแรกในประเทศ คือ โรงพยาบาลเซนต์โยเซฟ ที่อยุธยา ต่อจากนั้นก็มีโรงพยาบาลเกิดขึ้นอีกหลายแห่งในสยาม ในสถานพยาบาลเหล่านี้ บรรดามิชชันนารีได้ทำการช่วยเหลือ โดยให้บริการและรักษาฟรี ช่วยพยาบาลคนเจ็บป่วย แจกจ่ายอาหารและยา อยู่ใกล้ชิดกับผู้ป่วยเหล่านี้ เป็นต้นเด็กทารก หรือผู้ป่วยที่ใกล้จะตาย บรรดามิชชันนารีก็จะล้างบาปให้พวกเขา จากแบบอย่างที่ดี ความมีใจดี มีเมตตาของพวกเขาทำให้ชาวสยามประทับใจ และนิยมที่จะมารักษาในโรงพยาบาลของเรา ซึ่งมีผลต่อการกลับใจของชาวสยามเช่นกัน
นอกจากสถานพยาบาลที่กล่าวในข้างต้น ยังมีสนามแพร่ธรรมอีกแห่งหนึ่งที่สำคัญก็คือ โรงเรียน ในสมัยอยุธยา เด็กชายเท่านั้นที่มีโอกาสได้เรียนหนังสือ โดยไปเรียนตามวัดต่างๆ และมีพระภิกษุเป็นผู้สอน ทำให้ชาวสยามที่อ่านออกเขียนได้มีน้อย ซึ่งก็มีผลต่อการเผยแพร่ศาสนาของเราในการที่จะอ่าน ท่องและจดจำคำสอนที่บรรดามิชชันนารีสอนให้กับพวกเขา มิชชันนารีเองก็มีความตั้งใจที่จะสร้างโรงเรียนเพื่อที่จะผลิตพระสงฆ์ ก็คำนึงถึงเหตุดังกล่าวด้วย จึงได้เริ่มแนะนำการศึกษาและเปิดโรงเรียนขึ้นในสยาม ทำให้เด็กชาวสยามทั้งผู้ชายและผู้หญิงได้มีโอกาสเรียนหนังสือเท่าเทียมกัน โดยเฉพาะเด็กผู้ชายและเด็กผู้หญิงที่เป็นคริสตังค์จะถูกบังคับให้เข้าเรียนตั้งแต่ยังเด็ก มีการสอนให้อ่าน เขียน เลขวิธีเบื้องต้น ร้องเพลง สวด และโดยเฉพาะอย่างยิ่งข้อคำสอนในศาสนาคาทอลิก ซึ่งเป็นการปลูกฝัง และย้ำเตือนความเชื่อ ความศรัทธาของบรรดาเด็กๆ เหล่านั้น ได้เติบโต และมั่นคงขึ้นเรื่อยๆ ในสมัยต่อๆ มามีโรงเรียนเปิดขึ้นอีกหลายแห่ง และได้รับการสนับสนุนจากบรรดาพ่อแม่ ได้ส่งบุตรหลานของตนเข้ามาเรียนหนังสือ เพราะพวกเขาเห็นถึงคุณค่าและประโยชน์ที่จะได้รับจากการศึกษา บรรดามิชชันนารีก็ค่อยๆ ปลูกฝังและเป็นแบบอย่างที่ดีให้กับเด็กๆ เหล่านั้น จึงทำให้มีจำนวนนักเรียนที่ได้รับศีลล้างบาปกลับใจมาเป็นคริสตังค์เพิ่มขึ้น ในแต่ละปีแม้จะไม่มากนักก็ตาม.