สมัยพระเพทราชา

  
        หลังจากที่พระเทพราชาสามารถทำการรัฐประหารยึดอำนาจมาจากพระนารายณ์ได้แล้ว เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม ค.ศ.1688 สยามจึงได้ทำสงครามกับฝรั่งเศส พระเทพราชาได้สั่งให้ทหารจับกุมบรรดาธรรมทูตและคริสตังที่กรุงศรีอยุธยา เมื่อไทยไม่สามารถยึดป้อมของฝรั่งเศสได้ และถูกยิงตอบโต้อย่างหนัก จึงจับตัวพระสังฆราชลาโน มัดไว้กับหลักที่อยู่ในระยะกระสุนของฝรั่งเศส ทำให้ฝรั่งเศสไม่กล้ายิง เมื่อ นายพลของฝรั่งเศสเห็นว่าสถานการณ์เริ่มแย่แล้ว จึงขอทำการเจรจาสงบศึก ทางมะริดก็เช่นกันทหารสยามได้จับกุมตัวธรรมทูตที่เมืองตะนาวศรีแล้วส่งมาที่กรุงศรีอยุธยาการเจรจามีความยืดเยื้ออยู่นาน ในที่สุดในวันที่ 18 ตุลาคมได้มีการทำสัญญากัน  โดยทางไทยจะให้ควา มคุ้มครองบรรดาธรรมทูตและคริสตัง รวมทั้งให้สิทธิทางการค้าแก่ฝรั่งเศสด้วย เหตุการณ์ครั้งนี้ก็ทำให้ทั้งสองฝ่ายรู้สึกไม่ไว้ใจกันและกัน ขณะที่พระสังฆราชลาโนอยู่ที่ปากน้ำ ยังไม่ทันลงเรือออกทะเล มีคนไทยกลุ่มหนึ่งเข้ามาทำร้ายท่าน จับกุมท่านมาที่กรุงศรีอยุธยาขณะอ ยู่ในคุก ท่านได้แต่งหนังสือ Dedeificatione Justorum (การทำให้ผู้ชอบธรรมกลายเป็นพระ) โดยให้สามเณรคนหนึ่งที่ติดคุกอยู่ด้วยกันเขียนตามคำบอก คริสตังชาวไทยและชาวมอญก็ถูกจับด้วย ชาวสเปน  ชาวอาร์มเนีย  และชาวโปรตุเกส ก็พลอยถูกคุกครามไปด้วย มี คริสตังจากพิษณุโลก จำนวน 42 คน ถูกนำมาขังที่กรุงศรีอยุธยา พร้อมกับคุณพ่อโมแนสจีเอ และอันเจโล วัดต่างๆ ที่กรุงศรีอยุธยา ละโว้ บางกอก พิษณุโลกและสุโขทัยถูกปล้นและทำลาย สามเณราลัยที่อยุธยากับพราหมณ์ก็เหลือแต่กำแพงเท่านั้น หนังสือที่พระสังฆรา ชลาโนเขียนเอาไว้ก็สูญหายไปและยังมีการละเมิดที่บรรจุศพของพระสังฆราชเดอ ลาม็อต อีกด้วยในคุกนั้นคริสตังถูกทรมาน สบประมาทอย่างหนัก ถูกบังคับให้ทำงานหนัก
 
       ในวันที่ 9 ธันวาคมพระสังฆราชลาโนได้รับการปล่อยตัว หลังจากนั้นบรรดาธรรมทูตและสามเณรก็ได้รับการปล่อยตัวแต่บรรดาธรรมทูต ต้องถูกจำกัดขอบเขตให้อยู่ในเกาะเล็กหน้าคุกเท่านั้น ในที่สุด วันที่ 25 เมษายน ค.ศ. 1691 มีพระบรมราชานุญาติให้พระสังฆราชและบรรดาธรรมทูตกลับปอยู่ที่สามเณราลัยได้ จากความยากลำบากนี้ก็ได้มีคนต่างศาสนาบางคนได้กลับใจและรับศีลล้างบาป เพราะเห็นความเ ชื่อที่เข้มแข็งของธรรมทูตและคริสตัง การเบียดเบียนครั้งนี้แม้ไม่ยาวนาน แต่ก็เกิดผลร้ายอย่างมาก วัดทุกแห่งได้รับความเสียหาย  ธรรมทูตหลายคนเสียชีวิตจากการทารุณกรรมในขณะนั้นมีพระสงฆ์คณะมิสซังประเทศอยู่เพียง 6 คนการทำงานของธรรมทูตที่มีจำนวนน้อย อยู่แล้ว แต่ทางการไทยก็ยังขัดขวางการออกไปทำงานนอกนคร การฟื้นฟูพระศาสนจักรจึงเป็นเรื่องที่ยากลำบากยิ่ง  และต้องใช้เวลาถึง 200 ปี จึงทำให้เหมือนเดิม คริสตังที่พิษณุโลก นครไทย สุโขทัย ต่างกระจัดกระจาย บ้างก็ถูกเนรเทศ บ้างก็หนีเข้าป่าและระหว่างที่มีการ เบียดเบียนคริสตังบางคนก็ได้ยืนยันความเชื่อแสดงตัวอย่างกล้าหาญ ที่กรุงศรีอยุธยาจำนวนคริสตังก็เหลือเพียง 125 คนและบรรยากาศข องความหวาดระแวงของคนไทยต่อฝรั่งเศสชาวไทย จึงไม่ค่อยชอบบรรดาทูตและคริสตังมากนักส่วนวัดนักบุญโยเเซฟที่ยังสร้างไม่เสร็จ แต่ภายหลังพระเทพราชาได้ทรงพระกรุณาพระราชทานเงินมาช่วยก่อสร้างและเสร็จในค.ศ.1695 แม้จะยากลำบากแต่บรรดาธรรมทูตก็ได้ทำงานโดยการโปรดศีลล้างบาปแก่เด็กใกล้ตาย และการเยี่ยมคนป่วยในต้นรัชกาลของพระเทพราชาเกิดความแห้งแล้งสองปีซ้อนและเกิดไข้ทรพิษระบาดมีผู้คนตายเป็นจำนวนมากบรรดาธรรมทูตก็ได้แสดงความรักต่อผู้ป่วยอย่างไม่เหน็ดเหนื่อยมีเด็กที่รับศีลล้างบาป ก่อนตายจำนวนมาก ความรักและความช่วยเหลือในครั้งนี้ ทำให้ธรรมทูตและคริสตังได้รับความเคารพนับถือและเป็นมิตรจากคนไทยอีกครั้งหนึ่งและคริสตังก็สามารถกลับมาปฏิบัติศาสนาได้อย่างอิสระอีกครั้งหนึ่งด้วย
 
         เมื่อวันที่ 16 มีนาคม ค.ศ.1696 พระสังฆราชลาโนได้ถึงแก่มรณภาพ ก่อนท่านจะมรณภาพ  ท่านได้ฝากการปกครองมิสซังไว้กับคุณพ่อแฟร์เรอ ซึ่งท่านเป็นที่รู้จักของราชสำนักและเป็นที่รักใคร่ของคริสตัง ในระหว่างที่ทำดำรงตำแหน่งอยู่งานแพร่ธรรมก็ไม่มีอะไรพิเศษมากนัก เมื่อวันที่ 17 ธันวาคม ค.ศ. 1697สมเด็จพระสันตะปาปาได้แต่งตั้งคุณพ่อแฟร์เรอเป็นพระสังฆราชแห่งซาบุลดูแลมิสซังสยาม แต่หลังจากนั้นหนึ่งปีท่านได้ถึงแก่การมรณภาพก่อนการแต่งตั้ง เช่นเดียวกันการสอนคำสอนเป็นภาษาไทยก็สิ้นสุดด้วย เพราะไม่เหลือใครแ ล้ว  ที่สามารถใช้ภาษาไทยได้ ดังนั้น คุณพ่อโบรด์อดีตธรรมทูตที่ตังเกียจึงทำหน้าที่ดูแลมิสซังสยามต่อ เป็นเวลา 4 ปี โดยที่ท่านไม่รู้ภาษาไทยเลย จึงพอสรุปได้ว่า การเผยแผ่ศาสนาของบรรดาธรรมทูตในสมัยของพระเทพราชาแทบมีมีอะไรใหม่เลย มีแต่การรักษาสิ่งที่มีอยู่ แล้วให้คงอยู่ สามเณราลัยยังคงเปิดอยู่ แต่มีเณรจำนวนน้อยมาก ในค.ศ.1730 เมื่อพระเทพราชาสวรรคตนั้น มีคริสตังที่กรุงศรีอยุธยาอยู่ประมาณ 90 คนเท่านั้น