สมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น

 
พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก
ราวปี ค.ศ. 1783 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้ทรงโปรดให้ชาวคริสต์ในกรุงเทพฯได้เข้าเฝ้าเป็นครั้งแรก พระองค์ได้มีพระบรมราชโองการให้พระสังฆราชและพระสงฆ์ซึ่งได้ถูกเนรเทศในรัชกาลก่อนกลับคืนเข้าสู่กรุงเทพฯ และได้ทรงโปรดให้นำพระบรมราชโองการไปยังเจ้านครภูเก็ต เพื่อให้นำพระสังฆราชกูเดย์ กลับคืนสู่กรุงเทพฯพระสังฆราชกูเดย์มาถึงกรุงเทพฯ เมื่อวันที่ 4 เมษายน ค.ศ.1784  พระสังฆราชกูเดย์มีความยินดีเป็นอย่างยิ่งที่พระมหากษัตริย์องค์ใหม่ได้ทรงเริ่มมีนโยบายใหม่ต่อชาวคริสต์ พระองค์ได้ปล่อยให้หญิงสาวชาวคริสต์ที่พระเจ้าตากสินกักกันไว้ในวังให้กลับคืนสู่ครอบครัว พระองค์ได้ทรงอนุญาตให้ทหารคริสต์ไม่ต้องเข้าร่วมพิธีถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา แต่ยกเว้นหัวหน้าครอบครัวพระองค์ได้ส่งข้าราชการที่เป็นคริสต์คนหนึ่งพร้อมกับสาสน์จากไปถึงเจ้าครองนครมาเก๊า เพื่อขอให้มีการเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้ากับชาวโปรตุเกสเสียใหม่ แต่ไม่มีคำตอบใดๆ เพื่อเป็นการตอบสนองการเชื้อเชิญ มิชชันนารีบาทหลวงโดมินิกันองค์หนึ่งมาศึกษาสถานการณ์ในกรุงเทพฯ ยังผลให้เกิดความพึงพอใจเป็นอย่างยิ่งต่อชนชาวโปรตุเกส ผู้ซึ่งไม่ชอบพระสงฆ์ชาวฝรั่งเศส และยังผลให้มีการแตกแยกในบรรดาชาวคริสต์แห่งซางตาครู้ส ชาวคริสต์นิยมโปรตุเกสผู้ซึ่งถือว่าตนเองเป็นข้าราชบริพารแห่งกษัตริย์โปรตุเกส พวกเขาไม่ปรารถนาเชื่อฟังพระสังฆราชอีกทั้งเรียกร้องกรรมสิทธิ์ในวัด ส่วนชาวคริสต์อื่นๆ พระสังฆราชกูเดย์ต้องการที่จะให้พวกเขาถือว่าตนเองเป็นข้าราชบริพารแห่งราชสำนักไทย ท่านจึงเทศน์ สอนคำสอน และนำสวดเป็นภาษาไทย  เนื่องจากว่าชาวคริสต์ไม่สามารถปรองดองกันได้ คริสตชนที่สนับสนุนโปรตุเกสหันไปพึ่งบารมีของ พระอนุชา ซึ่งได้แก่ เจ้าชาย บุญมา เพื่อให้เกิดความสงบสุข เจ้าชายบุญมาได้ขอพระราชทานที่ดินบนฝั่งตรงกันข้ามของแม่น้ำเจ้าพระยา  สำหรับสร้างเป็นวัดใหม่ขึ้นมา   คือวัด "เอเรมิด้า" ต่อมาภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็นวัดกาลหว่าร์  บาทหลวงโดมินิกันได้ติดตามชาวคริสต์ที่ไม่ยอมรับพระสังฆราช แต่ท่านไม่ปรารถนาที่จะแยกตัวออกจากพระสังฆราช เมื่อท่านเห็นว่าคริสตชนกลุ่มนั้นไม่ต้องการเชื่อฟังพระสังฆราช ท่านก็เลยออกจากประเทศสยามไป จะต้องใช้เวลาถึง 40 ปี กว่าคริสตชนจะสามารถกลับมาปรองดองกันได้อีก 
 
หลังจากการมรณภาพของพระสังฆราชกูเดย์ในปี ค.ศ.1785 พระสังฆราชการ์โนลต์ ก็ได้ดำรงตำแหน่งต่อจากท่าน ในสมัยที่พระสังฆราชการ์โนลต์เป็นพระสังฆราชนั้น การติดต่องานระหว่างสำนักพระราชวังกับพระสังฆราชก็ได้ออกห่างกัน ก่อนหน้านั้นพระสังฆราชได้ใช้ชีวิตอยู่ทางภาคใต้เป็นเวลา 9 ปี ก่อนที่จะกลับมายังกรุงเทพฯ เจ้าเมืองภูเก็ตสนับสนุนชาวคริสต์เป็นอย่างดี รวมทั้งผู้ปกครองเมืองนครศรีธรรมราชที่ขอมิชชันนารีด้วย แต่เจ้าเมืองตะกั่วทุ่งกลับแสดงความเป็นปฏิปักษ์ต่อชาวคริสต์เป็นอย่างยิ่ง นอกจากนั้นกลุ่มชาวคริสต์ที่สนับสนุนโปรตุเกสได้ไปแจ้งความเมื่อพระสงฆ์โปรดศีลล้างบาปแก่คนไทย ซึ่งทำให้ทางราชการเกิดความไม่ไว้วางใจต่อชาวคริสต์ที่ยังคงซื่อสัตย์ต่อพระสังฆราชและเป็นการทำให้คนไทยที่ปรารถนาจะเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์หมดกำลังใจ พระสังฆราชการ์โนลต์มาถึงกรุงเทพฯ ประมาณปลาย ค.ศ. 1795 หรือต้น ค.ศ.1796 ตอนที่ท่านมาถึง มีชาวคริสต์อยู่ในเมืองหลวงประมาณ 1,000 คน โดย 400 คน เป็นคนดั้งเดิมของสยาม และอีก 600 คน เป็นผู้ลี้ภัย ใน ค.ศ.1785 เมื่อกองทัพสยามได้กลับมาจากกัมพูชาและเวียดนามใต้ที่ได้ไปรบต่อต้านพวกไต้ - ซ้อง ได้นำคริสตชนโปรตุเกสจากกัมพูชามาเป็นจำนวน 450 คน พร้อมกับชาวกัมพูชาที่ต้องการหลบหนีพวกไต้ซ้องอีก 100 คน นอกจากนี้ได้มีคริสตชนอีก 250 คน ซึ่งได้มาลี้ภัยอยู่ทางตอนเหนือของประเทศกัมพูชา ใน ค.ศ.1793 พระมหากษัตริย์ได้ส่งคนไปตามกลุ่มนี้พร้อมกับครอบครัวของเขานำมากรุงเทพฯ ด้วยชาวคริสต์ทั้งหมดนี้ได้มาตั้งรกรากอยู่ละแวกวัดคอนเซปชัญ 
 
เมื่อพระสังฆราชการ์โนลต์กลับมาถึงกรุงเทพฯ ได้ตั้งโรงพิมพ์เล็กๆ ขึ้นที่ซางตาครู้สใน ค.ศ.1796โรงพิมพ์ซางตาครู้สได้พิมพ์หนังสือเล่มแรกที่พิมพ์ขึ้นในสยาม แต่โรงพิมพ์นี้ได้ถูกทอดทิ้งไปภายหลัง ในสมัยนี้คุณพ่อฟลอรังส์ และคุณพ่อลีโอได้ไปสำรวจภูมิภาคแถบอยุธยา เพื่อที่จะศึกษาดูความเป็นไปได้ของการประกาศพระศาสนาที่นั่น เจ้าครองนครอยุธยาได้เชิญบาทหลวงทั้งสองทำการบูรณะวัดเก่า  แต่คนไทยที่เป็นหัวหน้าค่ายของคนลาว ได้ห้ามบาทหลวงทั้งสองไม่ให้ทำการเผยแพร่พระศาสนากับคนลาวที่อยู่ในค่าย ตลอดสมัยที่พระสังฆราชการ์โนลต์เป็นพระสังฆราช  ท่านได้ทำพิธีบวชพระสงฆ์ 8 องค์ พระสงฆ์เหล่านั้นเป็นชาวพื้นเมืองแต่ไม่ใช่คนไทย ในปีที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกสวรรคตนั้น จำนวนของชาวคริสต์มีประมาณ 3,000 คน รวมทั้งชาวคริสต์มาเลเซียในสยาม ชาวคริสต์เหล่านี้อยู่ในค่ายหรืออยู่ในย่านที่อยู่อาศัยแยกออกจากประชากรส่วนอื่นๆ อาจจะด้วยความจำเป็นหรือด้วยความประสงค์ของเจ้าหน้าที่ปกครองบ้านเมืองในสมัยนั้น คริสตังจึงไม่มีน้ำหนักอะไรในด้านสังคมและการเมืองของประเทศ ประวัติศาสตร์และวรรณคดีก็ไม่เคยเอ่ยถึงพวกเขาเหล่านั้นเลย แต่พระมหากษัตริย์ก็ยังเคารพในความเชื่อของเขา ตัวอย่างเช่น พวกเขาเหล่านั้นไม่จำเป็นที่จะต้องมาก่อสร้างโบสถ์ หรือเจดีย์ของศาสนาพุทธ พวกเขาสามารถอยู่ในค่ายอย่างสงบและเป็นอิสระในข้อแม้ที่ว่า พวกเขาจะไม่ชวนคนไทยมานับถือศาสนาคริสต์ ในเรื่องนี้การที่ชาวโปรตุเกสคอยแจ้งเจ้าหน้าที่เมื่อมีคนไทยเปลี่ยนศาสนา ทำให้ฝ่ายบ้านเมืองมีความระแวง 
 
พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย
เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยขึ้นครองราชย์ พระสังฆราชการ์โนลต์ได้รับพระบรมราชานุญาตให้เข้าเฝ้าอย่างเป็นทางการ ท่านสังฆราชได้ถือโอกาสนี้กราบบังคมทูลถวายบทสรุปคำสอนคริสตศาสนากับพระองค์ หลังจากพระสังฆราชการ์โนลต์มรณภาพ พระสังฆราชฟลอรังส์ก็มาสืบตำแหน่งต่อในยุคนี้มีการลดจำนวนมิชชันนารี เนื่องมาจากการปฏิวัติฝรั่งเศส ทำให้บ้านเณรทุกแห่งในประเทศฝรั่งเศสต้องปิดลง เงินช่วยเหลือก็ลดลงด้วย ทำให้มิสซังตกอยู่ในสภาพยากจนมาก พระคุณเจ้าฟลอรังส์ต้องคอยเป็นเวลา 14 ปี กว่าจะมีโอกาสต้อนรับมิชชันนารีองค์แรกซึ่งได้แก่ คุณพ่อปีโก ท่านได้มาถึงกรุงเทพฯ ปี ค.ศ.1822 ท่านอยู่ในกรุงเทพฯ แค่ 7 เดือนเท่านั้น แต่ในเวลาอันสั้นนี้ ท่านก็ยังสามารถชนะคดีเป็นความกันกับชาวคริสต์โปรตุเกส เมื่อเรียกร้องให้เอา วัดกาลหว่าร์กลับคืนมาสู่ความรับผิดชอบของพระสังฆราช พระสังฆราชต้องคอยอีกเป็นเวลานาน 4 ปี กว่าจะมีโอกาสต้อนรับมิชชันนารีองค์ที่สอง ท่านเองได้เป็นมิชชันนารีในประเทศจีน อย่างไรก็ดี ท่านได้พบสังคมใหม่ที่จะแพร่ธรรม เนื่องจากว่ามีคนจีนเข้ามาในสยามมากขึ้นทุกที คนจีนเหล่านี้สนใจในคริสตศาสนาและไม่ได้อยู่ ในขอบข่ายของการห้ามเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ คุณพ่อราโบ โปรดศีลล้างบาปแก่คนจีนเป็นจำนวนนับร้อยคนในปี ค.ศ. 1810  ในปี ค.ศ. 1819  ชาวสยามเริ่มกระทบกระทั่งชาวอังกฤษเป็นครั้งแรก เมื่อชาวอังกฤษปฏิเสธที่จะส่งตัวกษัตริย์แห่งเกดาห์ที่ได้มาลี้ภัยอยู่ที่ปีนัง ส่วนมิชชันนารีในสมัยนั้นก็ได้เฝ้าดูเหตุการณ์อย่างใจจดใจจ่อ ในตอนแรกพวกเขาค่อนข้างจะระแวงชาวอังกฤษ เพราะถือศาสนาแองกลิกัน แต่ชาวอังกฤษปฏิบัติกับมิชชันนารีและให้ความสะดวกในการแพร่พระธรรม มิชชันนารีจึงเริ่มเห็นว่าชาวอังกฤษเป็นผู้พิทักษ์เสรีภาพทางศาสนาของชาวคริสต์ เพราะเหตุดังกล่าว ชุมชนชาวคริสต์ในปีนังซึ่งขึ้นตรงต่อสยามนั้นได้ขยายตัวอย่างรวดเร็ว ในสยามตลอดช่วงเวลานี้ ชาวคริสต์ค่อนข้างจะเก็บตัว พระสงฆ์ไม่ค่อยออกนอกกรุงเทพฯ สาเหตุเนื่องมาจากขาดบุคลากรและทุนทรัพย์ เนื่องจากการห้ามเผยแพร่ศาสนาในบรรดาคนไทย ศาสนาคริสต์จึงไม่ได้ก้าวหน้า อย่างไรก็ดี พระสังฆราชฟลอรังส์ก็ยังได้แจ้งว่าได้โปรดศีลล้างบาปแก่ผู้ใหญ่ 29 คน ใน ค.ศ. 1823 หลังจากความพยายามในการเปิดประเทศในรัชกาลก่อน สยามก็กลับเริ่มปิดประตูไม่ต้อน รับคนต่างชาติมากขึ้นทุกที ชาวสยามรู้สึกผิดหวังในสนธิสัญญาทางการค้ากับประเทศโปรตุเกส ใน ค.ศ.1820 
   
พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว
พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงดำเนินนโยบายปิดประเทศเหมือนกับรัชกาลก่อน เมื่อเริ่มรู้สึกถึงอันตรายจากพวกล่าอาณานิคมอังกฤษ แต่ก็ได้เริ่มสร้างป้อมปราการเพื่อป้องกันกรุงเทพฯ และจันทบุรีจากการโจมตีทางเรือ ในปี ค.ศ. 1826 ชาวอังกฤษได้ผนวกเอาแคว้นตะนาวศรี ชาวสยามเริ่มรู้ว่ามหาอำนาจอังกฤษเป็นอันตรายที่แท้จริง และเริ่มอ่อนข้อในการเจรจากับชาวอังกฤษลง พระมหากษัตริย์เกรงเขาจะเข้ายึดครองประเทศ เลยเริ่มมีการระแวงมิชชันนารี  ด้วยเหตุนี้ถ้าใครต้องการออกมาจากกรุงเทพฯต้องมีใบอนุญาตเสียก่อน มิฉะนั้นแล้วอาจจะถูกจับและตำรวจจะนำกลับมาเมืองหลวง 
 
ใน ค.ศ.1831 ชาวสยามต้องการลงโทษเวียดนามที่ได้สนับสนุนพระอนุวงศ์แห่งเวียงจันทน์ในการก่อการกบฏต่อต้านสยาม ชาวสยามได้เข้ายึดครองกัมพูชา และได้ขับไล่กษัตริย์พระอังจัน พระเจ้ามิ่งม่างจากเวียดนามได้ทรงตั้งพระอังจันบนราชบัลลังก์เสียใหม่   พระเจ้ามิ่งม่าง ได้เริ่มเบียดเบียนมิชชันนารีและชาวคริสต์ใน ค.ศ.1833 พระสังฆราชตาแบรด์ ได้มาลี้ภัยอยู่ที่จันทบุรี พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เชิญพระสังฆราชไปกรุงเทพฯ เพื่อขอทราบเรื่องการเบียดเบียนและการลุกขึ้นต่อต้านจักรพรรดิมิ่งม่างในเวียดนาม แล้วพระองค์ก็ทรงอนุญาตให้พระสังฆราชและมิชชันนารีอยู่ในสยาม พระมหากษัตริย์ผู้ซึ่งเตรียมตัวที่จะทำสงครามกับเวียดนาม ได้ขอให้พระสังฆราชตาแบรด์ ใช้อิทธิพลกับชาวเวียดนาม หรืออย่างน้อยให้แต่งตั้งมิชชันนารีไปกับกองทัพสยาม พระสังฆราชตาแบรด์ยอมทำตามโดยมีข้อแม้ว่าให้พระองค์ทรงอนุญาตให้ท่านออกจากกรุงเทพฯ เพื่อไม่ให้ถูกสงสัยว่าท่าน ทรยศต่อเวียดนาม โดยมารับทัพสยามไปเวียดนานพระมหากษัตริย์รู้สึกไม่พอพระทัยเป็นอย่างยิ่งต่อข้อแม้นี้ เพราะพระองค์ไม่เคยมีใครปฏิบัติตามคำสั่งโดยมีข้อแม้ พระองค์จึงไม่ทรงอนุญาตให้พระสังฆราชออกจากกรุงเทพฯ  กองทัพสองเหล่าได้ถูกส่งไปใน ค.ศ.1833 พระยาชาวคริสต์ 2 ท่าน ได้ขอบาทหลวงประจำกองทัพกับพระสังฆราชฟลอรังส์ปฏิเสธ แต่ต่อมาก็ยอมส่งคุณพ่อเคลมังโซ  คุณพ่อเคลมังโซยอมไปแบบเสียไม่ได้ และซ่อนตัวอยู่ในเรือที่เวียดนามเป็นเวลา 15 วัน ชาวคริสต์ที่เวียดนามจากจังหวัดฮาเตียน และเจาดอก เมื่อทราบว่ามีพระสงฆ์คาทอลิกในกองทัพสยาม ก็รีบเข้ามาขอพึ่งกองทัพสยามเพื่อให้รอดพ้นจากการถูกกลั่นแกล้งสังหาร ด้วยเหตุนี้เอง ชาวเวียดนาม 1,600 คน มากรุงเทพฯพร้อมกับกองทัพสยาม ในบรรดาคริสตชนเหล่านี้ มีบาทหลวง 1 องค์ และ ซิสเตอร์ 2 รูป เมื่อมาถึงกรุงเทพฯ ใน ค.ศ.1834 พระยาชาวคริสต์ทั้งสองท่านได้ทูลเกล้าฯ ขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้พวกเขาปักรกรากในที่ดินว่างเปล่าทางด้านทิศเหนือของกรุงเทพฯ ที่เรียกว่าสามเสน พระเจ้าอยู่หัวได้ทรงมอบภาระการดูแลชาวคริสต์เหล่านี้ให้กับมิสซัง พระองค์โปรดให้สร้างโรงเรือนใหญ่ พระราชทานเครื่องนุ่งห่ม ที่ดินทำมาหากินพร้อมกับโคกระบืออีกทั้งยังให้ยกเว้นการส่งส่วยงาน สงครามกับเวียดนามจึงเป็นต้นกำเนิดของวัดแซงต์ฟรังซิส ซาเวียร์ ที่ตั้งอยู่สามเสนจนถึงในปัจจุบัน
 
พระสังฆราชปัลเลอกัว ได้รับการแต่งตั้งเป็นพระสังฆราชแห่งสยามใน ค.ศ. 1841 ท่านได้พยายามส่งมิชชันนารีไปจังหวัดห่างไกลทั้งทางภาคเหนือและภาคใต้ สถานการณ์ทางการเมืองในยุค นั้นจะไม่อำนวย จึงประสบความล้มเหลวอยู่เป็นนิจ  ใน ค.ศ. 1933 ในขณะนั้นชาวสยามยังคงกลัวที่จะถูกชาวอังกฤษบุกเข้ายึดครองชาวสยามรู้สึกกลัวมากเมื่อเห็นชาวอังกฤษเอาชนะประเทศจีนในสงครามฝิ่นใน ค.ศ. 1842 สยามได้เซ็นสัญญาทางการค้ากับสหรัฐอเมริกาใน ค.ศ. 1833 เพื่อให้เป็นการถ่วงดุลอำนาจกับอังกฤษ พระมหากษัตริย์ได้ให้พระอนุชาไปขอให้พระคุณเจ้าปัลเลอกัวเชิญชวนกษัตริย์ฝรั่งเศสให้มาทำการค้ากับสยาม โดยมีจุดประสงค์จะปลีกออกจากอิทธิพลของอังกฤษ 
 
พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีมิตรภาพระหว่างพระคุณเจ้าปัลเลอกัว ตั้งแต่คุณพ่อปัลเลอกัวเป็นเจ้าวัดอยู่คอนเซปชัญ ตอนที่เจ้าฟ้ามงกุฎผนวชอยู่ที่วัดราชาธิวาส คุณพ่อปัลเลอกัวได้มีโอกาสถวายการสอนแด่เจ้าฟ้ามงกุฎหลายวิชา อิทธิพลของพระคุณเจ้าปัลเลอกัวและอิทธิพลของอาจารย์โปรเตสตันท์ที่สอนภาษาอังกฤษให้กับเจ้าฟ้ามงกุฎ ซึ่งได้วิจารณ์การปฏิบัติตนของชาวพุทธอย่างนุ่มนวลแต่ตรงไปตรงมา คงมีส่วนผลักดันให้เจ้าฟ้ามงกุฎแก้ไขปรับปรุงพุทธศาสนาและจัดตั้งธรรมยุติกนิกายขึ้นมา 
 
ในตอนต้นปี ค.ศ. 1849 อหิวาตกโรคได้เกิดขึ้นที่กรุงเทพฯ คนตายวันละเป็นพันๆ คน โหรได้กราบทูลว่าสาเหตุมาจากฝรั่งในกรุงเทพฯ ฆ่าสัตว์เป็นจำนวนมาก เพื่อที่จะให้โรคระบาดนี้หยุด โหรเสนอให้ชาวต่างชาติเหล่านี้เอาสัตว์มากราบบังคมทูลถวาย เพื่อพระองค์จะทรงเลี้ยงไว้ คำขอนี้ทำให้เกิดการแตกแยกในหมู่บาทหลวง บาทหลวงส่วนใหญ่ถือว่าการเอาสัตว์เหล่านี้ไปถวายนั้นเป็นสิ่งที่ทางคริสตศาสนาไม่อนุญาตให้กระทำก็เลยปฏิเสธ พระเจ้าอยู่หัวได้เนรเทศบาทหลวง 8 องค์ ที่ไม่ยอมเอาสัตว์เหล่านั้นไปถวาย พระสังฆราช ปัลเลอกัวเป็นบาทหลวงชาวยุโรปองค์เดียวที่เหลืออยู่ในกรุงเทพฯ กับพระสงฆ์ชาวพื้นเมือง มิชชันนารีกว่าจะได้รับอนุญาตให้เข้ามาอีกก็ในรัชกาลต่อมา.